Actualmente el Terminal Portuario de Iquitos es administrado por la Empresa Nacional de Puertos S.A. (ENAPU S.A.).
En el mes de marzo del 2013, el Ministerio de Transportes y Comunicaciones suscribió un Memorándum de Entendimiento con la División de Cooperación para la Inversión en Puertos del Ministerio de Tierra, Transporte y Asuntos Marítimos de la República de Corea, con el objeto de elaborar los Planes Maestros para desarrollar y modernizar los puertos de Iquitos (Loreto), Ilo (Moquegua), Salaverry (La Libertad) y San Juan de Marcona (Ica).
Actualmente dichos planes maestros se encuentran concluidos. Dichos planes definirán las inversiones necesarias y los montos de inversión que requieren dichos terminales. En base a ello, el Ministerio de Transportes y Comunicaciones determinará la modalidad de desarrollo de los puertos, incluyendo la evaluación de esquemas de participación privada en este proceso.